Theo đó, đầu tư tu bổ, tôn tạo, nâng cấp và xây mới một số hạng mục công trình, trên cơ sở khoa học và kết quả khai quật khảo cổ học, gồm: Tu bổ, tôn tạo Giếng ngọc; xây dựng mới sân giếng và đường nối từ sân giếng lên lầu thờ Đức Phật Quán Thế âm Bồ tát; tu bổ, tôn tạo, xây dựng mới một số hạng mục và cải tạo nội thất lầu thờ Đức Phật Quán thế âm Bồ tát; sân vọng cảnh và sân xung quanh lầu; diện tích khoảng 266 m2.

Cải tạo, tu bổ, xây dựng mới đường lên tháp Tổ (tả - hữu), sân vườn, tường kè khu di tích; tu bổ, tôn tạo Tả, Hữu tiền hành lang và Tam quan nội.

Đầu tư hoàn thiện hệ thống phòng cháy chữa cháy, hệ thống điện chiếu sáng, hệ thống cấp thoát nước và chống mối cho các công trình trong khu di tích.

Việc tu bổ, tôn tạo một số hạng mục công trình trong khu di tích chùa Côn Sơn nhằm phát huy giá trị Khu di tích lịch sử và kiến trúc nghệ thuật quốc gia đặc biệt Côn Sơn - Kiếp Bạc, đáp ứng nhu cầu tham quan, tìm hiểu văn hóa, lịch sử, tín ngưỡng, tâm linh của nhân dân trong và ngoài nước, góp phần phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.