Hiện nay, đối với ngành xuất khẩu gạo, thủ tục hành chính vẫn khá rườm rà, nhiều đầu mối trong cấp phép khiến DN hoang mang. Cụ thể, quản lý cấp phép xuất khẩu lúa thì Bộ NN&PTNT cấp, còn gạo, bột thì Bộ Công Thương cấp; Chế biến Bộ Công Thương quản lý nhưng sơ chế thì Bộ NN&PTNT quản lý nên rất khó cho các DN khi xin thủ tục xuất khẩu.

Đồng thời, rào cản từ đến từ chính cán bộ thực thi mà hiện một số cán bộ làm việc trực tiếp với cơ sở cũng chưa đáp ứng được nhu cầu. Đầu năm 2017, Cty tôi vừa xuất một lô hàng gạo sang Nam Mỹ. Nước này họ yêu cầu giấy phép lưu hành rủi ro, nước khác trong khu vực Nam Mỹ lại yêu cầu xác nhận biến đổi gene. Trong khi hàng đã tới cảng rồi, nhưng DN phải mất 4 tháng mới có giấy phép từ cơ quan chức năng VN cấp. Đối tác không đợi được, cuối cùng DN phải giảm giá hàng bán, gây thiệt hại tài chính khá lớn cho DN.

Thủ tục cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh xuất khẩu gạo cũng là một vướng mắc. Để được cấp giấy phép xuất khẩu gạo, DN phải làm 3 thủ tục hành chính: Từ Sở Công Thương để xác nhận kho chứa đến Sở Bộ NN&PTNT cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATVSTP rồi Bộ Công Thương cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh xuất khẩu gạo. Thủ tục hành chính như vậy là quá phức tạp và có nhiều giấy phép con.

Sẽ là bất hợp lý khi yêu cầu thương nhân xuất khẩu gạo phải có kho chuyên dùng để chứa thóc, gạo và cơ sở xay xát thóc, gạo phù hợp với quy chuẩn chung do Bộ Nông nghiệp. Vấn đề này cần được xem xét lại. Cụ thể như, chỉ nên quy định DN có quyền sử dụng kho chứa chuyên dùng và quyền này được thể hiện qua hình thức sở hữu hoặc hợp đồng thuê, mượn kho.

Bên cạnh đó điều kiện vùng nguyên liệu hoặc liên kết sản xuất, các biện pháp ưu đãi, hỗ trợ xây dựng vùng nguyên liệu hoặc liên kết sản xuất cũng còn nhiều bất hợp lý. Mỗi khi có biến động giá hoặc sản lượng, cả phía DN và nông dân đều dễ dàng vi phạm các hợp đồng đã ký kết. Các cơ chế bảo đảm thực thi hợp đồng (đặc biệt từ tòa án) hiện chưa rõ ràng để trừng phạt vi phạm hợp đồng, giúp duy trì các liên kết như vậy một cách lâu dài.